تم تقسيم وظائف البحث عبر الخانات المخصصة لذلك إلى بحث "مبسط" و"موسع" و"مركب" وذلك لتوفير المزيد من إمكانيات الاختيار والتدقيق.

كما تتوفر إمكانية البحث المباشر في فهارس المخطوطات من خلال وظيفة "البحث الفهرسي" ، ويمكن تدقيق هذا البحث عن طريق إدخال بعض المعايير الحاصرة كاللغة مثلاً أو الخامة أو لون الخامة أو التعقيبات أونوع الخط أو لون الحبر أو الكمال أو الموضوع. ويستطيع المستخدم علاوة على ذلك أن يزيد من درجة دقة البحث من خلال الربط بين تلك المعايير الحاصرة بواسطة استخدام وظيفة "البحث الموسع" أو "البحث المركب".  

تتيح وظيفة "البحث المبسط" إمكانية البحث العام في كافة النصوص والبيانات المخزنة في الكتالوجات. كما يمكن من خلال وظيفة "البحث الموسع" تدقيق البحث عن طريق إدخال بيانات إضافية مثل رقم المخطوطة واللغة والمؤلف والعنوان والتاريخ والمكان والموضوع.  

بينما يستطيع المستخدم من خلال وظيفة "البحث المركب" تدقيق وحصر بحثه من خلال إدخال المزيد من البيانات الخاصة بمحتوى المخطوطة مثل نوع الخط والتراجم والزخارف والصور المصغرة والنسخ والطبعات والتراجم الأخرى ، مما يوفر إمكانية البحث وفق كافة المعايير المعروفة.  

تم تطويع الرموز الخاصة للكتابة العلمية لتسهيل عملية إدخال بيانات البحث ، بحيث يتمكن المستخدم من إدخال بيانات بحثه بالكتابة العلمية دون مراعاة الرموز الخاصة ، فإن أدخل المستخدم على سبيل المثال كلمة "Iṣfahānī" في آلة البحث فسيحصل على نفس النتيجة التي سيحصل عليها إن أدخل كلمة "Isfahani" ، ويؤدي البحث بتلك الآلية التي لا تراعي الاختلافات الخاصة برموز الكتابة العلمية في الحالات الطبيعية إلى الوصول إلى نتائج البحث المرجوة. بالإضافة إلى ذلك فقد قمنا بتزويد الصفحة بلوحة مفاتيح تظهر على الشاشة لتيسير عملية إدخال بيانات البحث برموز الكتابة العلمية الصحيحة وكذا باللغة العربية ، مما يزيد من دقة البحث ويقلل من عدد نتائج البحث التي تظهر بطبيعة الحال عند إدخال البيانات دون مراعاة رموز الكتابة العلمية. ويمكن للمستخدم أن ينقر على رموز الكتابة العلمية أو الحروف العربية مباشرة.

في حالة إدخال بيان بحث يحتوي على أكثر من كلمة يتم البحث تلقائياً في كافة المواضع التي ترد فيها إحدى تلك الكلمات ، فإن بحث المستخدم مثلاً عن عبارة" كتاب فضائل" في البيانات المخزنة فلن يحصل على نتائج البحث التي ترد فيها عبارة "كتاب فضائل" بصورة مباشرة فحسب بل ستظهر له كافة المواضع التي تحتوي على هاتين الكلمتين متواليتين أو منفصلتين دون مراعاة عدد الكلمات التي تفصل بين هاتين الكلمتين وترتيبهما في النص. ويتم البحث بالتحديد عن الكلمات التي تم إدخالها ولا تؤثر الكتابة بحروف كبيرة أو صغيرة على نتيجة البحث.

يستطيع المستخدم بالإضافة إلى ذلك استخدام رمز النجمة (*) كبديل لكافة الحروف والرموز ، مما يمكنه من البحث عن الكلمات في حالة عدم التأكد من طريقة كتابتها ، كما يستطيع القارئ من خلال إضافة رمز النجمة (*) التوصل إلى كافة الكلمات المتشابهة. فإن أدخل المستخدم مثلاً كلمة "خراج" فلن يتوصل البحث إلى كلمة "استخراج" إلا إذا قام بإضافة رمز النجمة في البداية "*خراج" ، كما يستطيع المستخدم بنفس الطريقة البحث عن الكلمة ومشتقاتها ، فإن أدخل المستخدم "ع*م" فسيحصل مثلاً على الكلمات "علم" و"عالم" و"علوم".